Od 2008.g. Zavod ima sustav upravljanja kvalitetom certificiran od SGS Adriatica d.o.o., članice vodeće svjetske certifikacijske kuće SGS Group. Zavod uspješno provodi i unaprjeđuje sustav upravljanja kvalitetom kroz dosadašnje tri revizije ISO 9001 norme:
ISO 9001:2000 ISO 9001:2008 ISO 9001:2015
Recertifikacija prema najnovijoj reviziji norme ISO 9001:2015 provedena je u 2016 godini.
Kroz sustav upravljanja kvalitetom Zavod definira i opisuje sve svoje poslovne procese i ovisnosti na sve učesnike i zainteresirane strane prema kontekstu svog poslovnog i društvenog djelovanja. Nizom procedura i uputa Zavod opisuje, provodi, nadzire, analizira i poboljšava svoje procese:
Prema prihvaćenom Poslovniku sustava kvalitete ISO 9001:2015 u provedbi norme Zavod planira i primjenjuje procese nadzora, mjerenja, analize i poboljšanja procesa koji su potrebni za:
Ono što je za Zavod još važnije je stalno poboljšavanje poslovnog sustava na način da se on prati, analizira, provjerava, te da se predlažu poboljšanja. U tom segmentu provođenja sustava su uključeni svi zaposlenici Zavoda.